Колониальный режим предопределил коренные перемены в экономическом базисе, на котором основывалось общество майя. Первый же удар по производительным силам привел к катастрофическим последствиям: смерть в боях тысяч мужчин, жестокие репрессии против гражданского населения за оказание сопротивления завоевателям, физическое уничтожение жителей целых поселений, бегство индейцев в глухие места и даже иногда коллективное самоубийство. Но еще большее опустошение сеяли вокруг новые болезни, принесенные конкистадорами. Эпидемии оспы, кори и заболевания дыхательных путей вызвали среди индейского населения огромные потери, практически уничтожив обитателей многих областей.

Эрик Томпсон, изучавший демографические проблемы майя в момент конкисты и после нее, нашел поразительные данные о запустении территории вследствие войн, восстаний и эпидемий. Большая часть зоны майя, особенно северо-восток Юкатана, все восточное побережье полуострова, район Акалан - Тишчель, Табаско, Тайясаль, центральная часть Петена и бассейн Усумасинты и ее притоков, потеряли приблизительно 90% обитателей. Многочисленные поселения на побережье Тихого океана, Гондурасского залива и в долине Мотагуа исчезли целиком менее чем за одно столетие.

Тем не менее производительные силы заметно возросли в других отношениях благодаря введению новых возделываемых культур и разведению домашних животных. Среди привезенных растений назовем цитрусовые, смоковницы, гранатовые, кокосовые, а также бананы, дыни, сахарный тростник; такие огородные культуры, как салат, капуста, репа, лук, огурец и редька, и, кроме того, пшеница. Что касается животноводства, было начато разведение лошадей, мулов, ослов, свиней, овец, коз, коров, а также кур. В качестве домашних животных испанцы привезли с собой кошек и новые породы собак, неизвестные здесь ранее.

Европейская технология изменила одни работы и ввела другие. Орудия из металла (железа, бронзы, стали) - топоры, мачете, кирка, лопата и плуг - заменили орудия из камня или дерева. Использование тягловой силы животных и колесных повозок пришло на смену труду носильщиков. Применение железного лома и пороха сделало возможным рытье глубоких колодцев. В некоторых случаях на них даже ставились подъемники. На верфях строились грузовые и рыболовные суда. Сооружались прессы (мельницы) для получения сока из сахарного тростника.

В колониальную эпоху было построено мало заводов. Это были главным образом предприятия по переработке хенекена и индиго, получению крахмала и дубильных веществ, мыловаренные заводы и т. д. Увеличилась добыча красильного дерева, кошенили, хенекена, копала, оленьих кож, меда и воска, соли. Возрос вывоз ценных пород деревьев. В XVIII в. стали разводить табак, уже известный майя, и рис.

В Гватемале и Гондурасе было положено начало горнорудной промышленности, в особенности добыче золота и серебра, которая строго контролировалась властями. Высокого уровня развития достигли обработка металлов, в частности серебра, а также некоторые виды ремесел, например шитье золотом по парче и скульптура, прославившие Гватемалу. С помощью привезенных из Испании необходимых инструментов были созданы сапожные, швейные и столярные мастерские и кузницы.

В Испанию и ее антильские колонии вывозили хлопковые ткани, какао, индиго, мед, воск, красильное дерево и соль, оленьи кожи, мешки и веревки из хенекена, хенекен-сырец, ценные породы деревьев, соленое мясо и рыбу, а также обувь и шляпы. Из Европы ввозили пшеницу, сахар, растительное масло, вино, уксус, крепкие алкогольные напитки, одежду, мебель, бумагу, столовое серебро, фарфор, оружие и земледельческие орудия. Однако общий итог торговых операций был отнюдь не в пользу майя, так как торговля носила монопольный характер и ввоз преобладал над вывозом.

Изменилась и система землевладения, так как благодаря королевским пожалованиям конкистадоры получили в собственность значительную часть общинных земель. Хотя испанские законы защищали права индейских общин-эхидос на земли, находившиеся в общинном пользовании, эти законы на местах нередко игнорировались, и на землях общины испанцы разводили крупный рогатый скот, свиней, выращивали маис.

Производственные отношения тоже изменились, хотя для народа майя смысл этих отношений остался прежним, изменились только хозяева.

В поместьях крестьянин был обязан отдавать хозяину половину урожая и бесплатно работать на него каждый понедельник. Кроме того, проводились еженедельные работы по уходу за главным домом, расчистке улиц и дорог, прополке и орошению огородов. Долги, действительные или мнимые, которые крестьянину никогда не удавалось погасить и которые становились наследственными, превращали его в настоящего раба.

Еще один институт - энкомьенда - обеспечивал полное отчуждение индейцев майя. Предполагаемое оправдание энкомьенды целиком лживо. Оно гласило, что "для того, чтобы обучить индейцев испанским манерам и обычаям и наставить в христианской вере, а также для того, чтобы они служили испанцам, как свободные лица, монахи, сопровождавшие все экспедиции, могут распределять индейцев между конкистадорами-поселенцами".

В качестве платы за навязываемое им религиозное обучение индейцы должны были поставлять помещику-энкомендеро маис, фасоль, перец, кур, воск, мед, кувшины, горшки, веревки и полотно, а также оказывать определенные услуги, которые включали в себя земледельческие работы, уход за скотом, общественные работы (строительство казенных зданий, церквей, монастырей, дорог), возведение частных домов, а также домашнее прислуживание.

Кроме того, существовала еще так называемая система репартимьенто, заключавшаяся в том, что крестьяне майя должны были за незначительную плату доставлять испанским властям, священнослужителям, энкомендеро и торговцам некоторые продукты.

"Обвенсии" - подаяния, которые индейцы давали францисканским монахам для их пропитания в первые годы христианизации, постепенно стали обязательными и превратились в тяжкое бремя. Но и это еще не все. Индейцы платили также личную дань королю, церкви, Индейскому суду, Общинному фонду и Фонду защиты от пиратских нападений.

Социальная структура представляла собой следующую картину: основную массу трудящихся (крестьян, ремесленников, соледобытчиков, рудокопов, рыбаков и т. д.) составляло коренное население. Средний класс, состоявший из метисов и мулатов, объединял служащих, мелких торговцев и представителей некоторых свободных профессий. Их влияние в обществе стало чувствоваться лишь в конце XVIII - начале XIX в. Высший класс, в большинстве своем состоявший из испанцев, был образован владельцами поместий, крупными торговцами, чиновниками, монахами, священнослужителями и военными.

Политическая власть на самом высоком уровне принадлежала королю Испании и кортесам. На местах она осуществлялась представителями королевской власти: вице-королями, губернаторами и генерал-капитанами. Те местные правители, которые подчинились испанцам и сотрудничали с ними, были, как правило, оставлены во главе поселений. Им предоставлялись некоторые привилегии; с их помощью испанцам было легче подчинить себе местное население. Церковь имела собственную иерархию - от папы римского до самого скромного священника; высшей церковной властью на колониальной территории был епископ.

Военное завоевание сопровождалось духовным порабощением народа майя. Первыми на Юкатан прибыли францисканцы, за ними последовали иезуиты. В Чьяпасе и Гватемале действовали главным образом доминиканцы и в меньшей мере иезуиты. Между монахами и священниками бывали частые распри из-за духовного контроля над той или иной территорией и, разумеется, из-за материальных выгод, которые давал такой контроль. Среди монахов встречались люди, пытавшиеся умерить алчность конкистадоров и обличавшие их произвол и преступления. Но подавляющее большинство духовенства было занято собственным обогащением.

Епископ Юкатана Диего де Ланда защищал юкатанских индейцев от произвола энкомендеро, а также от мирского духовенства и гражданских властей. Но прежде всего он посвятил себя борьбе против старых верований индейцев. Фанатизм епископа привел его к совершению преступного аутодафе в Мани, где тысячи людей были подвергнуты пыткам, при этом 150 из них умерли, и где он заставил вырыть из могил более 100 трупов предполагаемых идолопоклонников. Ланда велел разрушить тысячи идолов, алтарей и стел, сжечь более 20 рукописных старинных кодексов и множество других ценных предметов культуры майя.

Однако новая религия, насаждаемая огнем и мечом, так и не смогла окончательно уничтожить древние индейские верования. Майя продолжали тайно почитать своих богов.